Dos tipos de órganos configuran la estructura del Real Instituto de Estudios Asturianos: los de gobierno y los de estudio e investigación.

Los primeros son el Director (asistido por un Subdirector), el Consejo General y la Junta Permanente (los dos últimos, colegiados). A ellos se añade la Secretaría General, a la que corresponde la gestión administrativa del Instituto.

Los órganos de estudio e investigación, por su parte, son las comisiones de trabajo ordenadas en cinco ámbitos y los centros de estudio e investigación: Biblioteca, Hemeroteca y Archivo; Centro de Publicaciones, y centros de investigación científica y tecnológica.